В большинстве развитых стран рыбу принято разводить в специальных искусственно созданных водоёмах. Однако из-за большой скученности рыб в таких местах молниеносно (намного быстрее, чем в естественной среде обитания) распространяются бактериальные инфекции. Учёные предлагают использовать против патогенов их естественных врагов – вирусы, способные заражать и уничтожать эти самые бактерии.

Одно из самых частых заболеваний у обитателей аквахозяйств вызывают бактерии из рода Aeromonas. В тяжелых случаях аэромоноз уничтожает до 90% поголовья. После чего заводчикам приходится долго заниматься очисткой и обеззараживанием садков перед тем, как запускать мальков и выращивать рыб заново. Микробиологи из ФИЦ Биотехнологии РАН с коллегами Лестерского университета (Великобритания) провели совместное исследование на эту тему. После чего нашли новый бактериофаг, который поможет в борьбе с болезнью. Работа велась ими в рамках деятельности НЦМУ «Агротехнологии будущего». 

- Для борьбы с патогенами можно использовать антибиотики, но во многих странах на разных этапах производства пищевых продуктов они жёстко регламентируются или вовсе запрещены. Штаммы вирусов-бактериофагов точно и избирательно действуют только на определённые бактерии, поэтому они считаются многообещающим биологическим средством против инфекций, в том числе на рыбохозяйствах. Такой метод защиты безопасен для окружающей среды, человека и животных, - рассказал старший научный сотрудник ФИЦ Биотехнологии РАН, микробиолог, кандидат биологических наук Евгений Куликов.

В поисках разновидностей вирусов биологи брали пробы в российских водоёмах. Одним из самых перспективных оказался штамм, выделенный в 2021 году из реки Норишка в Михайловском парке Москвы. Его они назвали Gekk3-15. Он оказался маленьким миовирусом с геномом длиной в 64 847 пар оснований. Учёные прочитали и расшифровали его геном, а также изучили строение нового штамма под электронным микроскопом. В генах вируса были зашифрованы структурные белки, в том числе, необходимые для создания «хвоста» бактериофага, который вирусологи наблюдали под микроскопом. Он действует как шприц и способен сокращаться и вводить генетический материал вируса внутрь оболочки клетки-жертвы. Исследователи изучили гены, ответственные за метаболизм нового Gekk3-15 и доказали его способность разрушать бактериальные клетки, которые он заразил. Гены вируса были рассмотрены с помощью баз данных геномных последовательностей, чтобы отыскать его ближайших «родственников» и определить его место на эволюционном древе. Поскольку процент сходства структурных белков у Gekk3-15 и родственного вируса Pseudomonas phage (штамм EPa61) варьировался от 38 до 63%, учёные заключили, что изученный вирус – представитель нового рода, а может быть, даже подсемейства. Таким образом, в ходе исследования учёные открыли ещё и представителя нового таксона бактериофагов – фаг Gekk3-15, что расширяет представления о биологическом разнообразии вирусов бактерий.